הרשות פועלת על מנת להבטיח קיומה של תשתית ספנות ישראלית בעלת יכולת לשמש כמוביל משמעותי בזמן שלום ובזמן חירום, תוך מתן דגש על קיום צי אניות ישראליות וכח אדם ימי ישראלי מתאימים להובלת מטענים חיוניים כגון: מזון, דלק, פחם, מטענים ביטחוניים וגרעינים.

הספנות הישראלית עוסקת בחלקה הגדול בהובלת מטענים בין נמלים זרים (70%) ומושפעת בצורה ישירה ומיידית מתנודות בספנות הבינלאומית בכל הקשור למחירי הובלה, מחירי כלי שייט, ביקוש והיצע של מטענים וכח אדם ימי זר.

מערך הספנות הבינלאומי הכולל את הספנות הישראלית, מושתת על התארגנות בינלאומית בחסות האו"ם בתחום הבטיחות (IMO) ובתחום הכלכלי (W.T.O GATT) ההתארגנות הבינלאומית כוללת אמנות בינלאומיות, הסכמים ושיתופי פעולה בין מדינות, המחייבות את צי הסוחר הישראלי.

גידול ניכר חל בשנים האחרונות בתחומים: פיתוח מעגנות (מרינות), כלי השייט הקטנים ומשיטים. חלק מהמעגנות מנוהל ע"י הרשות וחלק ע"י חברות כלכליות של הרשויות המקומיות. בהיבטים של בטיחות השייט יש לרשות הספנות והנמלים אחריות סטטוטורית על כל הנמלים והמעגנות בישראל.